編碼器屬精密元件，這主要因為編碼器周圍干擾比較嚴重，比如，是否有大型電動機、電焊機頻繁起動造成干擾，是否和動力線同一管道傳輸等。選擇什么樣的輸出對抗干擾也很重要，一般輸出帶反向信號的抗干擾要好一些，即a+~a-b+~b-z+~z-，其特征是加上電源8根線，而不是5根線（共零）。帶反向信號的在電纜中的傳輸是對稱的，受干擾小，在接受設備中也可以再增加判斷，例如接受設備的信號利用a、b信號90°相位差，讀到電平10、11、01、00四種狀態時，計為一有效脈沖，此方案可有效提高系統抗干擾性能，計數準確。編碼器生產廠家介紹三種簡單的初步判斷方法：
1、排除（搬離、關閉、隔離）干擾源
2、判斷是否為機械間隙累計誤差
3、判斷是否為控制系統和編碼器的電路接、不匹配、編碼器選型錯誤
以上三點方法試驗過后故障現象排除，則可初步判斷，若未排除須進一步分析。判斷是否為編碼器自身故障的簡單方法是排除法。排除法的具體方法是用一臺相同型號的編碼器替換上去，如果故障現象相同，可基本排除是編碼器故障問題，因為兩臺編碼器同時有故障的小概率事件發生可能很小，可以看作為0。假如換一臺相同型號編碼器上去，故障現象立刻排除，則可基本判定是編碼器故障。
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